哈佛一群校友曾经批评该校给予捐赠基金经理的薪酬太高，现在该校校友再度指责，在过去3年间，管理这个捐赠基金的公司，其员工的薪酬大幅上涨逾一倍。
根据美国税局的资料显示，哈佛大学捐赠基金管理公司─哈佛管理公司，在截至2013年6月底，获得的薪酬金额为1.328亿美元，而在2010年，其薪酬仅为6350万美元。该公司管理哈佛大学金额达327亿美元的捐赠基金，在2012年聘有员工324人，较2009年上升超过19%。
9名在1969年同班的哈佛大学学生在致大学校长福斯特（Drew Faust）的信中表示，他们惊奇地发现，管理公司员工薪酬的增长，比捐赠基金本身还要快，而基金距离金融海啸前的高峰还很远。
哈佛大学拥有全球最大的大学捐赠基金，目前仍努力收復在信贷危机中录得的27%投资亏损。该基金的价值由2008年的369亿美元，下跌至截至2009年6月30日的260亿美元。在去年则录得11.3%回报，但表现比起其他紫藤树联盟的为低。
同时，该大学捐赠基金的运作亦与其他多数学院不同，原因是其拥有更多职员负责内部交易，而其他学院的捐赠基金则会透过资产管理公司来进行。
哈佛大学的发言人回信指出，哈佛大学管理公司独有的混合经营模式，若与其他同类型的外部管理策略来说，在过去10年间已为公司节省了超过15亿美元的资金。
1969年班级的校友自从2003年起，一直批评哈佛管理公司的薪酬太高，当时学院曾披露，管理公司5名薪酬最高的员工，每年获取得薪酬高达1亿美元，包括两个交易员每人3500万美元。这个争议曾令部分校友威胁停止向哈佛捐款，并令在该校曾管理捐赠基金5年的迈耶（Jack Meyer）离职。
对于一些如哈佛的非牟利机构，需要公布所有员工的薪酬纪录，以及最高薪酬员工的资料，以供美国税务局备案。
